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KAPA RiboErase Globin 血液RNA-Seq的利器

更新時間:2021-02-04 點擊次數(shù):2354

 

對血液樣本進行RNA測序時,如果不進行適當?shù)奶幚?,會影響測序的結(jié)果。

 
 

*,真核生物細胞含有一些高豐度RNA,其中含量高的是核糖體RNA(rRNA),而血液的RNA中含量第二高的就是珠蛋白(globin)RNA。這兩種RNA占血液樣本總RNA的85%以上。

 

如果不進行處理就建庫測序,高豐度RNA占據(jù)著大量的數(shù)據(jù),不僅浪費了測序成本,更淹沒了目標RNA的數(shù)據(jù),特別是一些低豐度但起著關(guān)鍵調(diào)控的RNA或者是罕見融合位點,使我們難以比較表達的差異化和特異性。

 

利用mRNA的polyA尾特點來富集mRNA的方法,雖然可以去除核糖體RNA,但并不能去除globin mRNA,同時其它的非編碼RNA的品種也會一并丟失。另外,在RNA樣本的質(zhì)量不高時,由于降解導致polyA尾的不完整,這種方法也不適用。

 
 
 

這些問題通過采用RNA酶H法的KAPA新品Globin RNA去除寡核苷酸加上RiboErase (HMR)核糖體RNA去除試劑盒即可輕松解決!

 
 
 
 
 
 

RNA酶H法的原理:rRNA及globin RNA與特異互補的DNA寡核苷酸鏈雜交,接著與DNA鏈雜交的RNA品種被RNA酶H特異消化去除,引入的DNA鏈則通過后續(xù)的DNA酶消化而去除。

 

 

 

1

產(chǎn)品應用

1

同時去除細胞質(zhì)5S、5.8S、18S及28S 核糖體RNA,線粒體12S及16S 核糖體RNA, 以及珠蛋白globin mRNA

2

適合物種:人、小鼠、大鼠

3

可用于檢測帶polyA尾的RNA(成熟mRNA)及不帶polyA尾的RNA(包括非編碼RNA及前體RNA

4

高質(zhì)量與低質(zhì)量RNA樣本同樣適用

 

 

2

優(yōu)異表現(xiàn)

1

穩(wěn)定去除99.9% rRNA及99.9% globin mRNA

2

低至25ng的血液來源RNA樣本也可獲得豐富轉(zhuǎn)錄本信息

3

一天內(nèi)快速完成RNA富集及建庫流程(~6.5小時)(配套KAPA RNA Hyper建庫試劑盒)

4

降低非特異性去除比例(與非酶去除法比較)

圖片

KAPA更高效、重復性更好

▲ 圖一 KAPA 實驗流程與I品牌同類產(chǎn)品相比,KAPA對globin mRNA及rRNA的去除效率更高,重復性更好。測序文庫從25/100/1000ng人血來源的RNA樣本制備,實驗流程采用了相應產(chǎn)品推薦的實驗方案。

圖片

KAPA助您發(fā)現(xiàn)更多

▲ 圖二  KAPA 實驗流程提升了*轉(zhuǎn)錄本的檢測數(shù)量

 
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